Les amibes, vecteurs de bactéries pathogènes dans l’eau côtière ?


Ce projet serait sous la direction de : Yann HECHARD

Unité de recherche : EBI, équipe Microbiologie de l’Eau (MDE)

École doctorale : Rosalind Franklin – Énergie, Environnement, Bio santé

Intitulé du sujet :

Les amibes, vecteurs de bactéries pathogènes dans l’eau côtière ?

Début de thèse :  à partir du 01/10/2022

Mots clés : Amibes, bactéries pathogènes, eau, changement climatique, zone côtière, aquaculture, one health

Résumé

Le changement climatique va assurément impacter le développement des microorganismes dans l’environnement et possiblement augmenter leur développement et/ou leur pathogénicité. La zone côtière pourrait être particulièrement touchée du fait de sa proximité avec la terre et de l’impact des rejets de fleuves. Les amibes libres pourraient jouer un rôle car ce sont des réservoirs et des terrains d’entrainement pour des bactéries pathogènes. Cependant, ces amibes sont très mal connues en milieu marin.
Notre objectif est donc d’évaluer le rôle de ces amibes dans le développement de bactéries pathogènes dans la zone côtière, en lien avec le changement climatique.

Contexte et problématique :

Le changement climatique va assurément impacter le développement des microorganismes pathogènes dans le milieu marin. Par ailleurs, les amibes sont décrites comme des réservoirs et des terrains d’entrainement pour des bactéries pathogènes en eau douce. Cependant les amibes marines sont très peu décrites et leur rôle très peu connu. Nous souhaitons étudier ce rôle sur la transmission potentielle de bactéries pathogènes à l’Homme et/ou aux animaux, en particulier dans le contexte de l’aquaculture.

Description du sujet :

Nous allons échantillonner la zone côtière correspondant à l’estuaire de la Charente en suivant un continuum de salinité. Des échantillons seront également récoltés dans des fermes aquacoles. L’ensemble des échantillons servira à isoler et quantifier des amibes et également certaines bactéries pathogènes d’intérêt. Dans un second temps, nous étudierons in vitro l’influence de la salinité et de la température sur l’interaction amibes-bactéries pathogènes. Enfin, nous étudierons en milieu contrôlé (mésocosmes), l’ajout d’amibes sélectionnées pour voir leur impact sur le développement des bactéries pathogènes.

Méthodologie et mise en œuvre :

La méthodologie fera appel notamment à des compétences de Microbiologie (culture, identification), de Biologie cellulaire (étude des interactions) et de Biologie moléculaire (PCRq, séquençage).

Profil recherché :

Le(la) candidat(e) devra avoir une formation dans les domaines de Microbiologie et Biologie Moléculaire. Le(la) candidat(e) devra être particulièrement motivé par les aspects de recherche appliquée dans le domaine environnemental. Nous recherchons un(e) candidat(e) curieux, dynamique, rigoureux et possédant des qualités relationnelles afin de communiquer avec l’ensemble des partenaires du projet.

Contact pour plus d’informations et pour candidater jusqu’au 09/05/22 inclus :




ED CEGA 
Théodore Monod